Les zones occupées par le petit campagnol sont intensément broutées. Les plantes sont rarement détruites, et finissent par donner du grain. Toutefois, le retard de développement induit par les broutages peut parfois se maintenir jusqu’à la récolte et se traduire à ce moment-là par des plages immatures.
A moins de populations très élevées, le petit campagnol n’est guère nuisible en grandes cultures et ne requiert aucune intervention spécifique. Pour rappel, plus aucun produit rodenticide n’est autorisé pour lutter contre ce rongeur.
Le petit campagnol ne doit pas être confondu avec le mulot (Appodemus sylvaticus Linnaeus), un rongeur granivore dont les dégâts sur les semis de betteraves ou de chicorée peuvent être importants, en particulier lorsque la levée tarde à venir à cause du temps sec.