La surveillance des activités dans les abattoirs est effectuée par des vétérinaires indépendants, appelés vétérinaires chargés de mission (CDM), dont la mission revêt un double aspect. D'une part, ils assurent la surveillance du respect du bien-être animal pour le compte des services en charge de cette matière en Flandre, en Wallonie et à Bruxelles, et ce depuis la régionalisation de la compétence du bien-être animal. D’autre part, ils réalisent, pour le compte de l’AFSCA, l'expertise des animaux abattus en vue d'en déclarer la viande propre à la consommation humaine.
Cela fait déjà plus de deux ans que l'Agence alimentaire n'est plus en charge du bien-être animal. Cela signifie également que les CDM actifs dans les abattoirs font directement rapport aux instances régionales, sans intervention de l'AFSCA, lorsqu'ils constatent des problèmes au niveau du bien-être animal. La prise de mesures correctives ou de sanctions en réponse aux infractions commises en matière de bien-être animal incombe pleinement aux Régions, placée sous la tutelle des Ministres régionaux. L’agence alimentaire, sous la tutelle du Ministre fédéral de l’Agriculture Willy Borsus, n’est donc nullement impliquée dans le contrôle et la prise de mesures suite à des situations d’infractions aux législations relatives au bien-être animal.
Dans un abattoir, la chaîne d'abattage est divisée en une zone "propre" et une zone "sale". Durant l'abattage des animaux, les CDM qui réalisent des missions pour le compte de l’AFSCA travaillent dans la zone propre de la chaîne d'abattage. Depuis cette zone, il n'y a pas de vue possible sur la partie sale de la chaîne, où a lieu la mise à mort proprement dite des animaux.
